В последнее десятилетие в области молекулярной генетики выделилось новое направление, получившее название маркер-вспомогательная селекция.

Открытие наследственного полиморфизма белков, ферментов и групп крови у разных видов сельскохозяйственных животных явилось мощным стимулом для изучения генетических особенностей пород и возможностей использования маркерных генов в практической селекции, в частности, для прогнозирования продуктивных качеств животных в самом раннем возрасте.

Разработка новых молекулярно-генетических методов, направленных на ускорение селекционного процесса, является важнейшей проблемой совершенствования пород лошадей.